הרב חיים ברובנדר ניצב בחזית התוכניות ללימוד תורה עבור אלפים שהגיעו לישראל כדי לחקור את יהדותם. הוא יצר הזדמנויות לאנשים ברחבי העולם לחזק את זהותם היהודית ואת הקשר שלהם לישראל. משנת 1967 החל הרב ברובנדר בהוראה לסטודנטים אמריקאים שעשו דרכם לירושלים בעקבות מלחמת ששת הימים. מיד אחריה יסד הרב ברובנדר את 'ישיבת המִבְתָר' לגברים, שם לימד תורה ברמה בסיסית, בסביבה אינטלקטואלית פתוחה. בו בזמן, עם ייסודה של 'מכללת ברוריה' (כיום, 'מדרשת לינדנבאום'), הוא חולל מהפכה בלימוד תורה לנשים על ידי הנגשת מחקר טקסטואלי מעמיק ותלמוד בלימודי נשים, תוך סלילת הדרך למען מוסדות לימוד אחרים בסגנון ישיבה לנשים. החל ממלחמת יום כיפור ועד לשנות ה-80' המאוחרות שירת ברבנות הצבאית של צה"ל.

ב-1999 יסד הרב ברובנדר את 'עתיד – האקדמיה ליוזמות וכיוונים לתורה בחינוך יהודי' כמוסד עצמאי כדי להכשיר את מנהיגות העתיד של החינוך היהודי ולהפיח רוח חיים בתחום באמצעות ייצור והפצת חזונות חדשים ואסטרטגיות לטיפול בנושאים מכריעים הצפויים בתחום.

ב- 2007 השיק הרב ברובנדר את WebYeshiva.org,, הישיבה המקוונת האינטר-אקטיבית הראשונה באינטרנט. מטרת המיזם הייתה להסתמך על המשאב הגדול של מורים איכותיים ועל הרמות הגבוהות של לימוד וידע שניתן למצוא בירושלים. WebYeshiva.org מציע כיתות לימוד בכל שעות היממה, עם מורים אלה ומביאם אל העולם כולו באמצעות הרשת.